Die nutzungsfreie Fläche im Nationalpark Hainich macht 84,7 % der Nationalparkfläche aus, wobei der Kommunalwald der Stadt Bad Langensalza rund um die Thiemsburg noch gar nicht mitgerechnet ist. Neben der gesamten Schutzzone 1 gehören dazu in der Schutzzone 2 weitere Wald-Flächen im Umfang von 378 ha sowie Flächen im Umfang von 331 ha, die aktuell noch kein Wald sind, sondern sogenannter Nichtholzboden, sich nun aber ungestört zu Wald entwickeln dürfen. Der Hainich wurde 1997 als einer der letzten zusammenhängenden Buchenwälder Mitteleuropas zum Nationalpark erklärt. Zudem gehören seine zentralen Bereiche seit 2011 zum heutigen UNESCO-Weltnaturerbe „Alte Buchenwälder und Buchenurwälder der Karpaten und anderer Regionen Europas“. Neben der Rotbuche in ihren typischen Waldgesellschaften beherbergt der Nationalpark weitere 29 Laubbaumarten, darunter Linden, Ahorne, Eschen, Vogelkirschen und die seltene Elsbeere. Nur 3 % des Waldanteils ist noch mit Nadelhölzern bestockt.
Fauna
Wildkatze, Bechsteinfledermaus, Rot- und Schwarzmilan, Trauer- und Zwergschnäpper, Bezahnte Glattschnecke